李肖然一行刚进入成都不久，就传来了李自成攻破北京城，崇祯帝上吊的消息。

既然天下大乱已经来临，偏安一隅的想法也不太现实。李肖然在成都对四川兵力进行了重新整备。

整个四川划归西部战区，另给西部战区增加3万兵马。秦良玉部和地方部队打散部分划归民团，部分挑选优秀的编入国民护卫队。

入川的中部战区增编到十万人，五万人有李肖岗带领在汉中一带休整随时准备解放关中，另外5万有李肖然亲自带领沿长江而下，占宜昌、荆州、荆门和南襄连成一片。随后在南部战区配合下解放武昌以及长江以北湖北地区。

占领长江以北湖北境内后防区交由南部战区管辖，南部战区也扩编到六万人。随后李肖然继续带兵回到襄阳。

李肖然刚休整一个月，满鞑子入关。李自成战败。为了赶在李自成退败之前占领西安，李肖然立即命令李肖岗部从汉中向西安攻击，同时命北部战区攻击洛阳一带。自己则带休整完毕的部队从桑洛直捣西安。

因为李自成主力部队皆在北京一带，因此攻击行动非常顺利，除了西安城动用了火炮其他城市基本望风而降。

一月后国民护卫队完全占领了关中平原一带并把防线北推到平凉、黄陵、运城一线，北部战区则把防线推到焦作、济源一带。

至此国民护卫队不再北上，巩固城防坐等李自成溃兵和满鞑子来攻。期间西部战区完全巩固了防御后又趁势收复了兰州等原有西部大明领土。

此时的李自成正在太原一带谋划自己的出路，一部分人主张继续南下收复西安，以关中平原为根据地割据一方，一部分认为李肖然的国民护卫队非常强大更是善于防守，根本无力攻下西安还不如从河北南下河南 。

李自成思虑再三决定兵分两路，一路有刘宗敏带领继续南下试探下国民护卫队的实力，如果难度很大就往东去河南安徽一带，另一路有李自成亲自带领沿太行山往河南一带退守。

刘宗敏带着15万人马刚到临汾南部就遭到了国民护卫队的袭击，15万人马看似浩浩荡荡实则不堪一击，李肖然带着6万国民护卫队一个回合就完全击溃了刘宗敏部，并顺势北伐相继占领临汾、太原、吕梁等地。

与此同时北部战区也占领了晋城、长治等地。至此整个山西绝大部分被救国军收入囊下。

满鞑子的主力则追击李自成部而去，河南、安徽、山东、江苏等地相继被满清占领，李自成最终也没摆脱被杀的命运。南明和满清在长江一带开始了拉锯战。

国民护卫队和满清的部队则在北方互有防御却并未有任何动作。一方面是双方从未交手，但都知道对方较为强大，一时都不敢轻举妄动。二是满清主力在与南明决战无法两面同时展开攻击。三是李肖然想借满清之手消耗南明实力，最终让南明余部主动靠拢。

南明经过长达半年的抵抗节节败退，整个南方陷入战乱，民不聊生。李肖然见时间成熟命令西部战区收复贵州、云南以及两广，南部战区收复湖南、江西、福建，中部战区在李肖岗带领下直插江浙一带，争取在最短的时间内收复长江以南所有省份。

于此同时国民护卫队在山西和河南一带和满清也正式开战，不过这两个地区国民护卫队采取了守势。由于双方武器存在巨大差异，再加上李肖然采取了更为有利的守势所以满清一点便宜讨不到。

南方的战役形式更为复杂，南明余部、地方军阀、满清部队错综复杂，李肖然采取了关门打狗的策略，首先让李肖岗带领最强大的中部战区部队切断了长江沿线满清部队的退路并步步南推，其次命西部战区进军云贵釜底抽薪，断绝了南明余部的退路。最后南部战区直插南方腹地.......

随着三路大军的摧枯拉朽般的攻势南方各种武装力量大部分选择了投降，少数负隅顽抗的被完全消灭，只有郑成功部逃到了台湾固守。

公元1650年国民护卫队彻底占领了长江以南地区，并在长江以北的扬州、滁州、六安等地建立桥头堡，配合豫西、山西等地的桥头堡准备发动对满清的关内决战。